次々と起こる奇怪な事件のため、目撃者である月村灯（大沢ひかる）と天空寺つむぎ（西部俊）に事件の解明を期待して、泊進ノ介と獅子島霧子は天空寺に来るよう命じられる。その裏にある真実。彼らが天空神殿に到着すると、Zunzheng とビホルダーが激しい戦いに巻き込まれていることがわかりました。しんのすけは仮面ライダーゴーストに変身して戦いに参加するが、その瞬間、時空が歪み、しんのすけとつむぎは瞬時に10年前に戻る。そこで天空寺さんが見たのは、死んだはずの父・龍（西村和彦）と幼い頃の自分の姿だった。一方、二人が時空の混乱に偶然入ってしまったことで、現代では仮面ライダードライブによって滅ぼされたはずのロイミュードが復活してしまう。悪魔の侵攻を阻止すべく、仮面ライダースペクター、マッハ、チェイサーが次々と現れ、敵たちと善と悪の大決戦を開始した。復活したロイミュードがかつてない強大な力を持つとは誰が想像しただろうか、ツンとしんのすけが時間内に元の世界に戻れなければ人類は滅亡の危機に陥るだろう。しかし、ズンは父親が敵に殺されようとしていることを知り、過去に留まり父親の運命を変えることを決意する。彼は、世紀の天才、レオナルド・ダ・ヴィンチが注意深く仕掛けた罠に、自分が一歩一歩踏み込んでいることをほとんど知りませんでした...